Il est dirigé par le directeur adjoint, secondé par un adjoint ; il se voit rattaché le patrouilleur austral des affaires maritimes OSIRIS.

Le service a en charge l’organisation des activités nautiques et l’élaboration de la règlementation des activités maritimes, nautiques, de pêche, de la protection et la mise en valeur du milieu marin.

Il veille au contrôle de leur application. Il est chargé du contrôle des pêches. Il conduit l’interface avec le réseau scientifique. Il assure la tutelle du pilotage maritime et des professions portuaires . Il est chargé de la conservation du domaine public maritime et du suivi des dossiers de travaux et d’aménagement en mer. Il assure les fonctions de commandement opérationnel de l’OSIRIS dévolues au DAM OI.

Le service AIML conduit des actions de coopération maritime régionale et intervient en appui à la mise en autonomie de Mayotte dans son champ de compétences.